El gobierno había puesto en marcha los Planes de Desarrollo Económico y Social con los que pretendía impulsar la economía española. Su mayor consecuencia fue la crisis de la agricultura tradicional, que dejó sin trabajo a miles de campesinos en las zonas rurales. En busca de una vida mejor, la población registró movimiento migratorio interior de unos 500.000 habitantes sólo en el primer año. En contrapartida, las ciudades protagonizaron un gran aumento demográfico, respaldado por un incremento de la natalidad.
Este ascenso natal no estaba previsto y los nuevos estatutos tenían sus propias limitaciones. La Ley 27/1964 de 29 de abril se redactó con la intención de prolongar el periodo de escolaridad obligatoria hasta los catorce años. Pero además, extendía el derecho a la educación a TODOS los españoles, por lo que hacía necesario ampliar el número de puestos escolares.
En 1964, Granada contaba con una cifra absoluta de 762.421 habitantes, y alrededor del 30% de la población infantil estaba sin escolarizar. Sólo unos 9.000 niños estudiaban Bachillerato y unos 1.300 en la Universidad. Concretamente en el Barrio del Zaidín el número de niños sin escolarizar alcanzaba los 5.800, en el año 1963, respecto a los 20.000 habitantes que vivían en la zona.
Don Rogelio Macías Molina, sacerdote fundador de la Institución, identificó esta necesidad y junto con un grupo de amigos, decidieron crear una fundación benéfico-docente aprobada por el MEC. Esta fundación iniciaría su labor con un estudio del Barrio del Zaidín, que registraba 5.800 niños sin escuela, y daría forma al primer centro de la Fundación «Institución Juan XXIII».
Don Rogelio Macías escogió el nombre de “Juan XXIII” en honor a dicho Papa por la profunda huella que había dejado en la Iglesia tras su muerte en Junio de 1963. Su legado había sido el inicio del Concilio Vaticano II, y una serie de escritos y encíclicas que Don Rogelio admiraba personalmente.
La escritura de creación de la Fundación fue realizada el 20 de Febrero de 1964 por D. Antonio Moscoso y Vila, Notario del Colegio de Granada. Una vez redactada y aprobada, se procedió a construir el primer centro en el Barrio del Zaidín, que era fundamentalmente obrero y que necesitaba urgentemente una gran cantidad de puestos escolares para atender a todos los niños sin escuela. En colaboración con la “Institución Juan XXIII”, se crearon dos secciones filiales en el Zaidín, una de niños dependiente del Instituto “Padre Suárez”, y otra de niñas dependiente del Instituto ángel Ganivet.
El periódico El Ideal se hacía eco de la noticia en su número del día 15 de septiembre de 1964. El segundo centro que se construyó fue en le Barrio de la Chana en el año 1966, en el Camino Viejo de Santa Fe. Y finalmente, en el año 68 empezaron los trámites para el tercer centro en la Cartuja, que comenzó a funcionar con una capacidad de 1.200 niños.